Por lo poco que he probado el M.a.l.a, sí se le pueden poner emuladores que "oficialmente" no están emulados.
Así, tengo configurado el Advmame, eso sí, lo tengo puesto como NO-MAME emulators.
También configuré el GensAVGA para MD, pero...manazas que fuí, lo cambié por el Kega Fusion y ahora, sí me lista las roms de Master, pero no las de megadrive....y eso que tengo puesta su linea concreta: -gens -fullscreen.

Supongo que para el zinc, será similar.
Lo único que deberás configurar es el zinc.ini como lo quieras, y luego en el M.a.la., añadir el zinc, y en la linea de comandos prueba:
%roms%

Un saludo.