Holas !

Si estás usando WINUAE tienes que pulsar F12 y configurar los controles en GAME I/O Ports, puedes hacerlo una vez hayas cargado el juego.

aquí tienes una guía :

http://www.abware.net/guide_winuae.php

y en Emulatronia hay un foro con un apartado dedicado a configurar el WINUAE

saludos !