Me lo he leído un poco aprisa, así que perdón si omito algo:
1.- Para mostrar las imágenes en thumbnail no hace falta redimensionarlas, con poner en el img src="" width=120 height=80 o algo similar que cumpla con los 4:3, vale.
2.- Yo no tengo ningún inconveniente en ocuparme de la plantilla. Pero ahora ando un poco liado, así que haría algo sencillito (pero bonito

). Luego, cuando la remodelación de la web haya terminado, no tengo inconveniente en retocar todo lo que haga falta.
3.- Yo empezaría primero con la web, después, cuando la web esté funcional, mientras tú te curras el renombrador de imágenes, nosotros podemos ir subiendo snaps y para la publicación del renombrador ya habrá muchas más imágenes que ofrecer.
4.- Podrías concretarme un poco más qué quieres añadir en el diseño de la web? cuantos campos, etc... lo que te sea más rápido, un txt, un folio garabateado y escaneado, lo que sea. Yo intento hacer un montaje con lo que me digas y a ver qué sale.
5.- Duda: En la web oficial de no-intro solo tienen (al menos que yo sepa) el último dat. Y para renombrar las imágenes para adecuarlas a nuestro romset, deberíamos usar el dat adecuado, tienes pensado incluír una sección para recopilar los dats?
6.- El .png permite más colores, pero para los juegos a los que nos vamos a enfrentar solo necesitan 256... aún así, con vistas al futuro, yo optaría por .png.