Faltan muchos:

Capcom vs SNK 1, Pro y 2
Garou: Mark of the wolves
JoJo's Bizarre Adventure
Last Blade 2
El resto de los KOFs (98, 2000, 2001, 2002)
Marvel vs Capcom (el 1º)
Mortal Kombat Gold (porque también hay masocas en el mundo)
Plasma Sword
Powerstone (el 1º)
Psychic Force 2012
Ready 2 Rumble (1º y 2º)
SF3 3rd Strike (y ya que estamos por qué no el Double Impact)
SF Alpha (o Zero) 3
Super Street Fighter 2 X for matching service
Tech Romancer
Vampire Chronicle
Bangai-O (bueno, este no se si encaja bien en una arcade, creo que sí)
Border Down
Cannon Spike
Chaos Field
Confidential Mission
Cosmic Smash
Death Crimson 2
Dynamite Cop
Gauntlet Legends
Gigawing (el 1º)
Gunbird 2
Outtrigger
Psyvariar 2
Rez (con algún reparo)
Shikigami no Shiro 2
Silent Scope
Spawn (In the demon's hand)
Trizeal
Twinkle Star Sprites
Virtua Cop 2
Virtual On 2 - Oratorio Tangram
Zero Gunner 2
Zombie Revenge
18 Wheeler
Aqua GT
Crazy Taxi (el 2º)
Daytona USA 2001
ESPN International Track & Field
F1 World Grand Prix
Le Mans 24 H
NBA 2K2 (con reparos)
San Francisco Rush 2049
Sports Jam
Virtua Striker 2 ver. 2001
Virtua Tennis 2K2
Bomberman Online
Bust a Move 4
Cleopatra Fortune
DDR 2nd Mix y DDR Club version
Pop'n Music
Puyo Puyo Da
Puyo Pop Fever
Puyo Puyo 4
Samba de Amigo (esas maracaaaaas)
Sega Tetris
Tetris 4D
Worms World Party y Worms Armageddon (con reparos)

Por ahora baste con eso, y seguro que aún limitándome sólo a los títulos más arcade (no en vano muchos son conversiones de recreativa) me he dejado unos cuantos en el tintero.