Un truquillo que puede que a alguno le sirva de algo...
Si se te ejecuta un script (xxx.bat, xxx.cmd...) y aparece la molesta ventana de la consola de comandos, se puede ocultar completamente llamándola por ejemplo desde otro script en vbs (Visual Basic Script).

Es muy sencillo. Si por ejemplo el script en cuestión se llama inicio.bat que se encuentra en C:\SCRIPTS, creamos un nuevo documento de texto, le llamamos inicio.vbs y lo editamos con el bloc de notas.
Escribimos lo siguiente: CreateObject("Wscript.Shell").Run "C:\SCRIPTS\inicio.bat", 0, False y guardamos.
Ahora solo quedaría reemplazar desde donde se llame a inicio.bat por inicio.vbs.



Me parece que runas sólo está en los Windows XP Pro y Server... ahora no estoy seguro.