En cuanto a lo de la resolución, piensa en MAME, que lo hace del como correcto:
Yo tengo el MAME configurado a 1600x1200 y con filtros gráficos para verlo en mi monitor de pc de un modo, a mi entender, parecido a los monitores arcade. Pues bien, cuando yo capturo una pantalla desde el propio MAME, no se captura lo que se vee, sino lo que emula MAME, por ejemplo, en Neo-Geo, las imágenes tienen 320x240 pixels y no llevan ninguna clase de filtro.
Sin embargo, otros emuladores, capturan lo que se ve en pantalla (epsxe por decir uno). Así que lo que hay que hacer es conseguir sacar las capturas a resolución original (en consolas como snes, creo que hay varias dependiendo del juego). No se qué emuladores lo permitirán, pero es cuestión de hacer pruebas.
Acabo de probar el Kega Fusion para megadrive y saca las capturas a la resolución que se ve y NO a la real

Por suerte, el emulador de SNES "ZSNES" si hace las capturas a tamaño real, aunque en bmp, además con el mismo nombre de la rom y añadiendo un número al final. Es decir, solo habría que borrar los números del final y convertir a png para tener unas capturas perfectas. Y ambas cosas se pueden hacer con un par de clicks en todas las imágenes que queramos de un solo paso.
AÑADO
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Para el Kega acabo de encontrar una solución. Si ponemos el emulador en ventana, podemos usar 320x240, que era la resolución original de la consola y además, en ventana no se pueden activar los filtros gráficos, con lo que tendríamos una captura buena.