Pues no, no lo has hecho bien . Tienes que hacer un rebuild.

Imagina que tenías raiden.zip y que contenía: raiden1.bin y radiden2.bin

y en la actualización te viene raiden3.bin. Pues si sobreescribes el .zip, solo te quedas con raiden3.bin. El rebuild comparará lo que tienes en tu directorio de roms, lo que hay en el directorio de actualización y creará un zip con todo lo necesario.