Si, efectivamente, tienes que hacer un rebuild desde todos los updates. Y tardar... pues dependiendo de las opciones de compresión y demás que pongas, si, tarda. Yo para pasar de 0.95 a 0.99 con "mergeado" completo de por medio estuve casi un día. Pero vale la pena, luego no será necesario hacerlo más (si mantenemos en orden las roms, claro).

En cuanto a los incorrectos que te indica el mame, fíjate que no permite especificar que no incluya a los juegos con chd, así que esos siempre te los va a indicar como errores (si es que no usas chd, claro).

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Por cierto, juegos con CHD solo hay 83, así que el audit del MAME no debería indicarte sino 83 juegos incorrectos.

Si usas MAMEplus, fíjate que usa roms extras.