puedes clonarlos de otra forma, yo lo he echo otras veces y te copia arranque y todo, conectas los 2 discos y desde windows abres una ventana de consola y pones

xcopy c:\ d:\ /k/i/c/h/i/f/r/e

he puesto de c: hacia D:\ pero puedes hacerlo como quieras si quieres copiar el disco e:\ hacia f:\ por ejemplo pues sustituyes las letras