Hola , he estado viendo el post, y resulta que algo parecido quise hacer yo en su momento, pero lo deje por falta de tiempo. Pero creo que os podre ayudar u orientar un poquito.

1º Casi todos los emus para linux son ejecutables en consola, si si tambien el epsx o el mupen64 solo ahi que darle la opcion "-nogui "

2º Podeis basaros en alguna otra distro que sea muy buena en reconocimiento de hardware como una geexbox que es la leche como reproductor Multimedia, freevix,Womp etc... que ya tiene el trabajo dificl echo y solo queda personalizarlo;-)
http://www.softonic.com/seccion/918/Distribuciones

3º Yo optaria por hacerlo en consola con el Advmame o con el Freevo(que funciona en consola, CREO QUE SERIA LO MAS HACETADO, YA QUE TENDRIAMOS UN CENTRO MULTIMEDIA PARA PELIS,TV , EMU ETC..) es un gui como el Mythtv(este no funciona en consola por lo que no me gusta y necesita sql), son centros multimedia que valen para ver la tele , grabarla, ver dvd etc.... Vamos en lo que se ha copiado mocosoft para hacer su put... win media center.

4º Yo utilizaria Debian/Ubunto y tambien esta aplicacion que seguro os va agustar mucho
http://lichota.net/~krzysiek/projects/ubun...-customization/
Se trata de un kit para crear LiveCd basandonos en Ubuntu etc.. se le pueden añadir paquetes, lenguajes etc....

Espero que os silva y lleveis a buen puerto este gran proyecto.

Saludos.