en realidad los puedes conectar a donde te de la gana. Date cuenta de que al final, lo configuras todo desde el propio driver. Menos la separación de botones para el joystick uno y para el joystick dos, debido a una limitación del driver. Aunque esto no es problema para los emuladores ya que el botón 7 (por ejemplo) del jugador dos puede servir como botón principal del jugador uno.

Pero, si quieres añadir un extra a la maca, yo lo que hice fue conectar todos los botones de servicio a una misma tierra (podemos poner 5 como máximo). De ese modo, desconectando la tierra, desactivamos los 5 botones. De ese modo, en mi máquina, con el giro de una llave desactivo todos los extras "de casa" y dejo la máquina en modo totalmente "recreativo": adios al boton de meter moneda, adios a la pausa, configuración, salir de juego...