Estas son mis preferencias, normalmente los cojo porque visualmente son los que dan más opciones gráficas, uso monitor de pc y soy adicto a los filtros. Igual por el rendimiento haya cosas mejores, no lo se, pero como tengo un 2400 voy sobrado para esos sistemas:

1.- NES: VirtuaNES
2.- SNES: ZSNES
2.- Megadrive, Game Gear, Mega-CD, Master System: Kega Fusion
3.- NeoGeo, ni idea, uso solo MAME
4.- Game Boy: BGB, sin duda, es la leche este emulador.
5.- N64: Project64, aunque estoy pez en esta consola
6.- PSX: epsxe, por supuesto... aunque algún que otro juego se resiste , pero estoy convencido de que trasteando un huevo con los diferentes plugins gráficos se podrían solucionar casi todos los problemas.