En el menu Configuracion avanza paginas hasta llegar a la pestaña Emulators 1-5
alli rellena cada celda segun esta config.

[Emulator_1]
Enabled=True
StartPageName=Nintendo 64
TitleText=Nintendo 64
StartPageLogo=n64
RomFilter=*.v64
RomsInFolders=False
ROMPath=D:\Nintendo\N64
SnapPath=C:\art\N64\snap
WorkingPath=c:\emu\project64
MapKeys=True
WaitBeforeKeys=
SendKeys=
ReplaceDash=True
ReplaceUnder=True
Capitals=True
RemoveBrackets=False
AlsoLaunch=
ShowDesktop=False
Debug=False
MapFile=
OLDatZip=
Command=project64.exe [ROMPath]\[RomFile]
TitlePath=
BoxPath=
CartPath=
LaunchBefore=
LaunchAfter=

[Emulator_2]
Enabled=True
StartPageName=Nintendo SNES
TitleText=Nintendo SNES
StartPageLogo=snes
RomFilter=*.smc
RomsInFolders=False
ROMPath=D:\Nintendo\Snes
SnapPath=C:\Art\Snes\Snap
WorkingPath=C:\Emu\Zsnes
MapKeys=False
WaitBeforeKeys=
SendKeys=
ReplaceDash=True
ReplaceUnder=True
Capitals=True
RemoveBrackets=False
AlsoLaunch=
ShowDesktop=False
Debug=False
MapFile=
OLDatZip=
Command=Zsnesw.exe "[ROMPath]\[RomFile]"
TitlePath=C:\Art\SNES\Titles
BoxPath=C:\Art\SNES\boxart
CartPath=C:\Art\SNES\Carts
LaunchBefore=
LaunchAfter=

... Y realmente no tiene nada mas, esto seria praticamente lo mismo para cada emulador que quieras meter solo que cambiarias los nombres y la linea command adaptada a cada ejecutable de los distintos emus.

Salu2.