Pues para MAME, cualquier versión de comandos. Creo que también funcionan con los que traen interfaz gráfico, pero si usamos la versión sin interfaz, todo debería ir mejor al no consumir recursos innecesarios. El MAMEPlus, que es el que uso yo, trae conjuntamente las dos versiones y tiene una gran ventaja, las dos usan la misma configuración. Así que ejecutas la versión con interfaz gráfico, lo configuras todo con ratón y luego al ejecutar la versión de línea de comandos lo tienes todo bien configurado y sin haber trasteado en el .ini.

Y el resto de emuladores, pues por manías mías, suelo eliminarles la interfaz gráfica desde la llamada del mamewah (-nogui en el epsxe, por ejemplo).

Configuraciones óptimas no hay, aquí depende de tus gustos y del ordenador que tengas. Con los sistemas viejos como snes, megadrive, etc... no deberías tener ningún problema y podrás usar todas las configuraciones que quieras. Y para cosas más nuevas como la n64 o psx, mejor empezar con una configuración gráfica pobre y empezar a subir hasta que quieras o que tu ordenador aguante.