Yo no tengo ni idea, pero asi de pronto se me ocurre que podrias probar con otra versión de Kgen.
Otra posible solución es eliminar todos los archivos cfg (previamente les haces un backup) e iniciar kgen.

Yo me acuerdo que antes usaba ese emulador en un Pentimum 166 mhz con 48 de ram y me funcionaba desde MSdos.