wenas amigo , pues mira que las roms tengan las mismas extensiones que las que endico en el ini de cada emulador, por ejemplo de n64 puse .zip , si tus roms son v64 o n64 no saldran.entonces tienes que hacer lo siguiente, abres el ini del n64.ini i en la parte que pone :

rom_extension zip n64

Añades tu otras extensiones con espacios.

mira tambien de tener las roms bien puestas en la carpeta roms de cada emulador , a veces los pequeños detalles son los que mas pasamos por alto.

un saludo y bienvenido