Si el set es del 0.108 y creas el dat con un 0.108 es raro que te fallen tantas roms. Aún en el caso de que usaras algún mod del MAME como MAME Plus, las diferencias no serían tantas. Lo único que se me ocurre es que tengas las roms en merged y al pasar el scanner indiques que las tienes en split.

Comprueba si tienes los zips de los clones.

Y si no es eso lo que falla, pues lo más cómodo es que consigas un nuevo romset que sea de fiar, porque conseguir 700 juegos uno a uno puede ser una locura.