pues eso mismo que comentas.

Hace algunos meses se decidió cambiar la extensión de las roms de megadrive a .md. Y con ello, dejaron de funcionar en los emuladores. El Gens32 en la primera actualización, aceptó ya la nueva extensión. Sin embargo, el programador del kega, en un principio se negó a aceptar la extensión (ni puta idea de por qué, me parece una chorrada, la verdad). Total que alguien hizo un parche para el kega y que así aceptara la nueva extensión.

Y pasó el tiempo y el Kega también aceptó la extensión .md

Así que si actualizas tu emulador, las podrás abrir sin problema.