No tiene por qué pasar

Si te fijas, el lector de movimiento tiene tres patillas. La patilla central es común para las dos direcciones. Y si cambias los otros dos cables, cambia el sentido de movimiento del cursor, así que ya lo estás corrigiendo, que con tu estupendo montaje te será sencillísimo (por cierto, que felicidades por un trabajo tan bien hecho) y así te evitas andar invirtiendo el ratón.