Para ejecutar NEO GEO CD en cualquier frontend usaremos Nebula.
Tendremos que tener instalado el programa daemon tools.
Las roms las tendremos en formato de ficheros bin+cue
Usaremos el wrapper, configurando el archivo .cfg a nuestra conveniencia, descargando desde la dirección:
http://www.emuchrist.org/cpviewer/neogeocd.htm

Ponemos en la carpeta roms las isos de los cd de neogeo.
El archivo de configuración sería algo así:

Enabled=true
StartPageName=NEO GEO CD
TitleText=Neo Geo CD
StartPageLogo=neogeo
RomFilter=*.cue
RomsInFolders=False
ROMPath=C:\rom\neogeocd
SnapPath=C:\snap\neogeocd
WorkingPath=c:\neogeocd
MapKeys=false
WaitBeforeKeys=1500
SendKeys=
ReplaceDash=True
ReplaceUnder=True
Capitals=True
RemoveBrackets=True
AlsoLaunch=
ShowDesktop=False
Debug=False
MapFile=

Command=neogeocdwrapper.exe "[ROMPath]\[RomFile]"

espero que te sirva de ayuda