Voy a intentar hacer yo un rebuild a ver qué consigo...

Pues con el dat de cps1 solo me ha faltado una rom (estoy usando MAME 0.105 con el dat para 0.106), así que todo parece estar bien.

He visto que en los dats para conseguir roms de esos sistemas, hay varios cada uno según cómo tengamos las roms de mame (split, merged, split merged), tal vez sea ese el problema, que estás usando un dat para split y a lo mejor tus roms están en split-merged, por ejemplo.