Solucionado

Me interesaba dejar el directorio de las roms como lo tengo ahora; Es decir, las roms en un directorio diferente de los emuladores para poder gestionarlas mejor y no alterar ningún emulador que no vaya a incluir en el Advmenu.

Pues bien, lo he conseguido modificando esta linea de comandos del archivo "advmenu.rc":

emulator "kega fusion" generic "-c:\emuladores\consolas\kega fusion\fusion.exe" "roms\% f"

Y la he cambiado por esta otra:

emulator "kega fusion" generic "-c:\emuladores\consolas\kega fusion\fusion.exe" "c:\emuladores\roms\megadrive\% f"

Dos detalles importantes; El primero es que, como ha comentado Sydaroa, no debe haber espacio entre el símbolo del porcentaje y la efe (% f). Yo aquí lo pongo con espacio porque si lo escribo junto no se porque pero luego en el post no se muestra.

Y segundo; En el directorio de las roms (lo marcado en naranja) de la linea que indica donde está el emulador tampoco debe haber ningún espacio, ya que no funcionaría.

Al final me ha quedado así:

emulator "kega fusion" generic "-c:\emuladores\consolas\kega fusion\fusion.exe" "c:\emuladores\roms\megadrive\% f"
emulator_roms "kega fusion" "c:\emuladores\roms\megadrive"
emulator_roms_filter "kega fusion" "*.zip;*.1"
emulator_flyers "kega fusion" "c:\emuladores\consolas\kega fusion\snap"

Lo dejo por si a alguno le interesa.

Venga, saludos y hasta otra.