Siempre hay que usar el dat de lo que queramos tener. Pero en el caso del MAME Plus, usa roms extras, así que tendrás que hacer un rebuild con esas roms extras además de usar las normales.

En cuanto a tu primera pregunta, no la entiendo del todo. El proceso es:

1.- Scan con Fix para eliminar todos los ficheros que han dejado de ser útiles y corregir los posibles cambios de nombre.

2.- Rebuild para añadir todo el contenido nuevo.

Y esos dos pasos usando el último dat, al que queramos tener finálmente.