Por mi parte, solo me queda animarte. No te desesperes, que cosas peores se han solucionado. Mejor sera que la dejes un par de dias para volver a la carga sin estar obsesionado.
Seguro que al final es una gilip****z que no te has dado cuenta, como algun conector suelto, vamos, alguna chorrada. Por ejemplo, si no he leido mal, todo funcionaba bien hasta que le cambiaste la ROM. Pues empieza por ahi. No creo que se haya estropeado la maquina por poner al reves el chip. Es mas , al poner el micro, no tocaste ningun cable? a lo mejor al toquetear la placa has roto alguna soldadura o has soltado algun cable. Si tienes el manual, deberia llevar un dibujo de la placa. Averigua donde van conectados los flippers y revisa esos conectores. Igual estan quemados o tiene la soldadura de la placa rota. Es una sugerencia.

No la vendas si tanta ilusion te hace, de verdad, que luego te arrepentiras de no haber intentado mas cosas.

Animo que lo solucionaras!!!

Un saludo,
dMode.