Hola. Simplemente crear un archivo ini en la carpeta folders, el nombre del archivo ini sera la carpeta.

Despues veras una opcion que con el boton derecho añadir a custon folder y lo añades.

Para crear subcarpetas dentro del carpeta abre y el ini y crea una seccion.

Ej:

Carpeta Plataformas.
Subcarpeta Favoritos.

En el directorio folder.
Plataformas.ini
y dentro del ini la seccion
[Favoritos]

Yo utilizo el mame32.

Saludos