Claro que te ejecuta solo un juego, porque al hacer
CODE
-nogui -slowboot -loadbin "c:\emuladores\roms\playstation\Metal Gear Solid CD1.bin"
Estás metiendo a capón en la línea de comandos el Metal Gear Solid.
Lo que tienes que hacer es:
EJECUTABLE: epsxe.exe
ROM PATH: la ruta que sea
ROM EXTENSION: las que sean (me acabo de dar cuenta de que MALA admite varias)
TICKS: Selecciona las tres opciones para mandar el nombre de la rom con extensión, comillas y ruta completa
COMMANDLINE: -nogui -slowboot -loadbin %rom%
Y así el MALA reconstruirá la línea de comandos completa, fíjate que donde va %rom% pondrá lo que has indicado previamente, es decir, la rom con comillas, extensión, etc...
Con eso creo que ya debería ir.