Muchas gracias Trelew, comentarte que el problema me sucede en un monitor arcade,aunque si abro los juegos en una ventana windows ,puedo maximizarlo, aunque esa solución no es para nada recomendable.
Probaré cambiar el keepaspect. ¿Hay alguna manera de saber que resolución es la original en cada juego?, ¿y se puede configurar la resolción de la pantalla en mame para cada juego?

Un saludo y de nuevo gracias.