Hola,

El advmame lleva sus propios drivers para configurar la entrada de Joysticks por el puerto LPT, lo que has de hacer és encontrar el adecuado para tu controlador, por ejemplo si es de SNES poner 'device_joystick allegro/sneslpt1'.

La explicación a esto y otras opciones (hay muchas) las puedes encontrar en el apartado 6 (Input drivers configuration) en el documento advdev que viene con el advancemame.
Espero que sea lo que buscas.

Saludos.