Lo primero de todo kafelnikov, paciencia. No por mucho insistir se va a solucionar antes el problema. Es más, probablemente obtengas el efecto contrario: que la gente no te haga caso.

Ahora, a tu problema.

Supongo que usas mame32 porque leo que has activado el Joystick en Default game options. Correcto.
No te preocupes por tu Joystick, que si está detectado por windows seguro que te funciona en mame.

Pero te falta un pequeño paso todavía. Vamos a ver si me explico, porque no tengo delante el mame32 y te tengo que contar las cosas de memoria:

Dentro de Default game options, tienes varias pestañas entre las que se encuentra la controllers. Pues bien, no sé si es en esa u otra (por favor, míralo tú) pero hay una pestaña en la que debes asignar el control del joystick al tipo de control que usas los diferentes juegos. Me reexplico con un ejemplo:

En esa pestaña tienes que ver varias etiquetas que ponga algo así como "Dial", "Trackball", "Lightgun", etc.. Simplemente debes asignar/vincular el joystick a cada uno de los controles que quieras que sean emulados con el Joystick. El trackball y lightgun problablemente lo querrás asignado a mouse, para poder utilizar el ratón en juegos como Centipete y demás.

Si tienes más dudas, ponlas en común, pero repito, con paciencia, y poniendo algo de tu parte, como intentar leer el fichero de ayuda del mame32, que aunque está en inglés viene con dibujos explicativos.

Ya nos contarás