Casi todos los emuladores, por no decir todos, soportan las roms comprimidas en formato zip.

El problema lo debes tener, como te ha dicho Zeta_Bros, en el ini de mamewah, comprueba que tienes puesto rom_folder, la extensión zip y que la ruta está bien puesta. Con eso se debería generar el listado de juegos correctamente.

Si una vez ves la lista, los juegos no se ejecutan, el fallo estaría en el commandline.