A mi nunca me ha pasado eso.

¿Has probado a configurar los botones durante el juego?
Con el juego corriendo, pulsa la tecla "tab" (dos flechas, una hacia la izquierda y otra hacia la derecha, topando con una barra vertical), y muevete por el menu y selecciona "input" para configurar los controles. Puedes configurar el "input (general)" (para todos los juegos), o el "input (this game)" (solo para el juego que esté corriendo). Las opciones se confirman con enter.

Una cosa, ¿No será que las roms que tienes son del emulador "Neo Rage"?
Parece cosa de las roms seguro.

Esa pantalla creo que es la bios de Neo Geo. Igual tus roms tienen la bios dentro.

De todas formas, ¿Por que no usas una versión más reciente del Mame32?

Mi primer emu de Neo Geo fue el Neorage. No veas lo que tarde en cargar el primer juego...

Saludos