Bueno, perdón, a mi también me pasa algo parecido con el pad.

Resulta que yo lo manejo siempre con el teclado, y cuando probe a controlar el mala con el pad, en principio me funcionó, pero luego me pasó lo que comentáis.

Lo que me ocurre a mi es lo siguiente:
Conecto el pad por un puerto usb. configuro los botones de este y marco la casilla "use joystick". Si, despues de esto, cierro el mala y lo vuelvo a abrir con el pad conectado, me funciona todo perfectamente. Pero si cierro el mala, desenchufo el pad y abro el mala con el pad desenchufado, entonces la casilla de "use joystick" se desmarca sola hasta nueva orden. No sirve cerrar el mala y volverlo a abrir con el pad previamente conectado, porque la casilla permanecerá desmarcada hasta que se marque manualmente. Ahora, eso sí, la configuración de botones del joystick se mantiene intacta. No tengo que volver a configurarlos.

Saludos