Simplemete al conectar el conector jamma al JPAC ya estás conectado todos los botones y palancas del panel del cotrol al ordenador.
Por defecto el Jpac viene programado para usar las teclas típicas de MAME, con lo que no deberias tocarlo, si aun asi quieres programarlo, al adquirir el JPAC lleva un CD con un programa winipac con el cual podrás asignar facilmente las teclas que tu quieras a tu panel, de forma que al pulsar un boton de tu panel es como si pulsaras la tecla "a" de tu teclado o la que quieras.
Te recomiendo que le eches un vistazo a las Preguntas frecuentes y veras como es mas sencillo de lo que parece