Por partes...

Las ROMs de MAME no es necesario descomprimirlas, deben estar en ZIPs sueltos (1941.zip, altbeast.zip, goldnaxe.zip, ...) en al subcarpeta \roms de MAME32 (\mame32\roms). Da igual el tamaño de la ROM, esto no afecta en ningún caso y lo propio es que las ROMs estén como describo en la línea anterior.

El que pierdas el sincronismo al cargar un juego puede ser debido a muchas cosas. Necesitaría saber que tipo de monitor estas usando para poderte decir con seguridad. De todas formas las causas comunes suelen ser el uso de un monitor de arcade + driver nvidia 15kHz o monitor de arcade + powerstrip y que después el juego se ponga a ota resolución que no sea de 15kHz perdiendo así el sincronismo, en tal caso en MAME32 debes ir a las options -> default game options -> advanced, allí activar la opción switch resolutions to fit, después en size elegir 640 x 480 y dar al botón aceptar. Por otro lado y aunque es raro, el problema puede pasar sobre monitores de PC con cualquier grafica, esto suele ser por no haber instalado el driver del monitor y se puede solucionar con el método anterior, pero esta vez eligiendo en size la resolución que tienes en el escritorio.

Suerte con ello.