Bueno,

he conseguido hacer que funcione, gracias a Macarro como otras veces

He tenido que utilizar el programa closemul, el joytokey y el comandito kill.cmd. En Mala, sustituyo el ejecutable fusion.exe , por un fichero bat que contiene lo siguiente:
cd D:\Emuladores\SegaMegaCD
start /B /MIN D:\Emuladores\SegaMegaCD\joytokey.exe joytokey.cfg
cd D:\Emuladores\SegaMegaCD
D:\Emuladores\SegaMegaCD\closemul.exe fusion.exe %1 -scd -fullscreen
kill joytokey
exit

Para quien no sepa lo que es el kill, se trata de un ficherito ejecutable (kill.cmd) que contiene lo siguiente:
@echo off

if "%1." equ "." goto error

setlocal enabledelayedexpansion

:loop
for /F "usebackq skip=3 tokens=1,2,3,* delims=. " %%g in (`tasklist`) do if /i "%1." EQU "%%g." taskkill /PID %%i /F /T

shift

if "%1." NEQ "." goto loop

endlocal

goto :EOF

error Falta parametro: nombre de programa

El programita closemul.exe ya ha explicado antes Macarro lo que hacia, así que no lo repito, en definitiva, lo he dejado por defecto para poder salir del emulador Kega Fusion 3.51 con la tecla Escape, y con respecto al joytokey lo único que he configurado un botón de mi panel de control, asignándole dicha tecla Escape, de forma que cuando pulse dicho botón, pueda salir del emulador y volver a MALA.

En cuanto a MALA, también he tenido que configurar en Other Emu Config,selecciono el emulador de Sega Mega CD y en la pestaña de Execution, donde pone lo de command line pongo:
"%path%\%rom%.%ext%" -scd -fullscreen


Lo mismo no es una manera muy ortodoxa, pero funciona y por favor, si hay alguien al que le funcione de una manera más fácil, teniendo en cuenta con lo que trabajo (interfaz lpt), por favor, que lo comente.

Gracias y un saludo