Hombre, a mi me parece que desaprovechar el j-pac y recablear todo, sólo porque se te quedan los cables cortos, es un poco cómo matar moscas a cañonazos.

Se pueden alargar un poco, sin problemas, no necesitas ni soldador. Compras un poco de cable, cortas, alargas, empalmas con cinta aislante y punto.

Otra cosa es que quieras pasar totalmente del j-pac (ya que el video no lo utilizas) y ponerte controles por puerto paralelo. En ese caso, creo yo que habría que recablear. Si del conector jamma, no vas a cojer video, ni audio, ni controles, puedes retirarlo tranquilamente. No es complicado si llevas un orden.

Sea lo que fuere que decidas, suerte con ello.