Djuan,

te explico lo que hago yo, por ponerte un ejemplo con el emulador de Sega Mega CD que es con el último que estoy liado mientras consigo todas las roms (o al menos la mayoría); te pego como llamo desde mi frontend al emulador con un fichero bat, esto es lo que contiene:

cd C:\Soporte\sega
start /B /MIN C:\Soporte\Sega\joytokey.exe joytokey.cfg
cd C:\Soporte\Sega
C:\Soporte\Sega\closemul.exe fusion.exe %1 -scd -fullscreen
kill joytokey
exit

Como puedes ver, yo no abro el joytokey al inicio de Windows, sino que cuando abro el emulador que deseo, lo llama con la configuración deseada, pero en el momento que salgo del emulador cierro el joytokey.

No tengo ni idea de como estás trabajando tú, no sé que es el zendkey; por mi parte, trabajo con interfaz de puerto paralelo y el frontend MALA, y me funciona con el ejemplo que te he puesto.

Espero haberte servido de ayuda

Nota; El comando kill, es un fichero kill.cmd, que mata el proceso que pongas a continuación, si lo buscas por google creo que lo encuentras, no obstante, creo que en Windows XP está el comando taskill que funciona de forma análoga