DJuan,

¿has probado a utilizar un fichero bat de la forma que te comenté?

Si abres el mamewah llamando a su ejecutable, por ejemplo, mamewah.exe, créate un fichero bat, por ejemplo mamewah.bat y ejecutas este fichero en vez del otro.

Este fichero mamewah.bat podrái contener algo así:

kill joytokey
mamewah.exe
start /B /MIN joytokey.exe joytokey.cfg
exit

Resumiendo, cuando lanzas el mamewah, lo primero que haría es cerrar el joytokey, luego abre el mamewah y cuando lo cierras, abriría de nuevo el joytokey; debería funcionarte, pruébalo y me comentas.

Saludos