Djuan,

si lanzas el fichero bat desde una ventana de msdos (esa pantalla en negro que aparece cuando ejecutas cmd), creo que probablemente te saldría un error, ya que creo que la ruta está mal, ¿no has hecho una prueba tal y como te dije verdad?

Prueba a poner en el fichero bat, lo siguiente:

kill joytokey
C:\"auto mamewah 2006"\front\mamewah.exe
start /B /MIN "C:\Software\Joytokey\joytokey.exe
exit

parece lo mismo, pero fíjate que lo que va entre las comillas es sólo la ruta que tiene los espacios en blanco; estas rutas dan algún problemilla

Pruábalo y me comentas...

Un saludo