Yo la única ventaja que le veo a Merge es al llevar el parent y clones en el mismo archivo, poder ejecutar las ROMs desde CDROMs y DVDs con la seguridad de que la ROM funcionara. (Siempre que tengamos la BIOS correspondiente o hayamos creado el Set Merged con la opción Allow not separated BIOS ROMs por lo que la BIOS necesaria estaría incluida en cada ROM que usase BIOS como NeoGeo).

Para uso común de ROMs desde disco duro y actualizaciones sin ClrMAMEPro lo más cómodo es usar Split.

Yo personalmente todas las ROMs de arcade las tengo siempre en modo Split y solo para compilaciones en DVD regenero el Set en modo Merge para que no se queden clones desperdigados en DVDs diferentes de donde está el parent.

Un saludo.