A 640x480 y 800x600 la imagen va a parpadear bastante siempre al ser modos entrelazados y aunque uses un circuito para la generación de CSync el cual está integrado en tu J-Pac, seguirá parpadeando en mayor o menos medida. La única manera de reducir el parpadeo es usar resoluciones no entrelazadas como 640x288, pero a esa resolución s imposible manejar el escritorio a, excepción de si usas un front-end multi-aplicación a dicha resolución.

Lo suyo es tener escritorio a 640x480 u 800x600 don de la imagen parpadeara bastante y después poner los juegos a 256x240, 321x240, 384x240 y otros modos no entrelazados con la imagen no parpadeara nada.

Aparte, por lo que cuentas, das a entender que tu efecto es bastante acusado, no pudiendo leer las letras pequeñas de juegos, lo que da a entender o que tu CRT está mal ajustado (enfoque, convergencia y demás) o que el tubo tiene ya muchos años de uso y está bastante quemado.

Un saludo.