Biónico, que te corto los huevos, que ya deberías saberlo

Utiliza el rebuild de clrmamepro.

Primero haces un escaneo de tus roms actuales para limpiar aquellos ficheros que ya no son útiles y para renombrar los que hayan cambiado. Y luego haces el rebuild indicando las nuevas roms para que se añadan los nuevos ficheros. Échale un ojo al video-tutorial de clrmamepro.

Un saludo.