1º La idea es dejarlo asi ya que ahora mismo me meto con otros proyectos.
Estoy a la espera de ponerlo en marcha en un despacho donde quieren mensajeria interna y que sólo uno de ellos pueda enviar mails al exterior, pero hasta que no llegue el dia no hago nada.
El modulo de anexar ficheros lo tengo desabilitado porque no me apetecia echarlo a andar ahora cuando lo monté.
El buscador lo tengo terminado a falta de engancharlo a una BBDD. A ver si durante el dia tengo tiempo y lo pruebo, pero por lo que visto hace lo que quería.
Sobre tu tema
La carpeta debe estar en el directorio donde se publica la aplicacion.
No te preocupes por cambiar el vinculo a 2700 registros, para eso están las sentencias SQLs para hacer un trabajo repetitivo de una sola vez.