te recomendaria primero que pasaras un poquito primero por los tutoriales de la pagina www.marcianitos.org
(es decir esta), en segudo lugar leerte un poco el P.R.F, y ya por ultimo una vez que te has empapado bien de toda aquella literatura, empezaria a realizar las consultas un poco mas concretas, el decir que tienes muchisimas dudas denota que no has estudiado un poco.

el jpac no es que sea impepinable, hay gente que esta usando el puerto paralelo de su placa base.
el jpac realiza de nexo entre tu pc y tu maca.
frecuencias dañinas?????? pos no se a que te refieres, si pones una arcadeVGA te saldra a 15KHercios, y en ese rango.

el efecto colateral seria que no veria el arranque???. que arranque no vas a ver, el que genra linux o windows??? precisamente es lo que la mayoria de los marcianos queremos que no se vea.

lo dicho estudia y veras como tus dudas de ser muchisimas, te encontraras en que se empiezan a contar con los dedos de la mano. otro tema es que luego se tuerzan las cosas y tengas que pelear con una duda o problema, que a todos nos ha pasado.

animo y a estudiar

tommy