De momento es el único emulador en el cual no funcionan la línea de comandos.
Para Neogeo tienes varias opciones, o bien lanzas neoragex desde mamewah, para luego volver a él, al estilo stepmania, o bien utilizas kawaks ( del que por cierto hace unos días tuvimos nueva versión ) o utilizas el dat para mame de neogeo.

Saludos