Pues creas el .bat en el escritorio (o lo creas en otro sitio y luego lo pones en el escritorio), y desde alli lo pinchas con el raton sin soltarlo y lo llevas (siempre sin soltar) a: Inicio/programas/inicio, y alli dentro de lo que se abre de inicio lo sueltas. Siempre que arranque windows ejecutara lo que haya dentro de /inicio.
Un saludo