No debería afectar nada de eso. Como si quieres poner ficheros zip que no sean roms. En el list_generation_method indicas que se compare el contenido de la carpeta con el listado que se genera del emulador. Así que si no tocas el listado, a las roms les haces las perrerías que quieras. Luego, esos juegos que no coincidan con el listado, no aparecerán...

De verdad que no tengo ni idea de dónde está el fallo. Comprueba qué pasa si utilizas la configuración original y copias un par de roms a la carpeta de roms por defecto del automamewah.