Activar joysticks en MAME: Abrir MAME32 -> Barra de menú Options -> Default Game Options -> Pestaña Controllers -> Activar casilla Enable joystick input -> Aplicar -> Aceptar.

Reconfigurar los controles en un juego: Cargar juego -> Pulsar la tecla [Tabulador] (Config UI) -> Ir a Input (This Game) -> Pulsar la tecla [Enter] para entrar a reconfigurar controles -> Posicionarse sobre el control que queremos modificar -> Pulsar la tecla [Enter] -> Pulsar la nueva tecla, dirección del joystick o botón del joystick que queremos asignar -> Repetir los tres últimos pasos las veces necesarias hasta redefinir todos los controles que queremos -> Pulsar la tecla [Tabulador] de nuevo para que desaparezca el menú.

Un saludo.