Vamos a ver, tenemos que pensar un poco mas antes de pedir ayuda, dices que los tres botones esos FUNCIONAN pero los detecta como si fueran OTROS BOTONES, no me invento nada, es lo que pones en tu primer post, bueno, pues si dices que funcionan pero como si fueran otros botones lo tienes facil facil facil, abre un documeto de texto y pulsa los tres botones en cuestión y mira que se escribe en tu documento de texto, si no eres capaz de reprogramar los botones, solo tienes que configurar el MAME con esos tres botones para el player 1, sencillo, verdad.
Saludos.

Editado: Es mas, te lo pongo mas facil tadavia, directamente configura los botones 1, 2 y 3 de player1 en mame pulsando los tres botones de tu maca cuando te pida que pulses una tecla para asignar los botones, mas facil no se puede, no?