Bueno de momento con el joytokey en menu inicio al arrancar el ordenador ya puedo mover el raton con el joystick, un pequeño incoveniente es que sale la ventana del programa en el escritorio y hay que minimizarla cada vez que se arranca el ordenador. Con el teclado he podido configurar ciertas teclas (alt, cont, enter, tab, esc y sup) con el joytokey y de momento cuando arranco el emulador de la megadrive (es el unico con el que estoy probando) presionando alt+enter se pone a pantalla completa y el cursor del raton ya no aparece con lo que el joystick se usa sin problemas. Seguiré probando con mas emuladores para ver si los hago funcionar igual, de todas formas tendré muy en cuenta los comandos que me has puesto por si tengo problemas.

Un saludo